公元前211年，有颗陨星坠落在东郡。有人在那块陨石上刻了“始皇死而地分”几个字。秦始皇听说后，派御史前去挨家查问，但没有人认罪。秦始皇于是把居住在那块石头周围的人全部抓来杀了，并焚毁了那块陨石。
当年秋天，有一个使者晚上出行，遇到一个人手持玉璧的人。他拦住使者说：“替我送给滈池君。”又说：“今年祖龙死。”使者问他缘由，那人忽然不见，只留下了玉璧。使者捧回玉璧向秦始皇陈述了自己的见闻。秦始皇沉默了良久说：“这没什么大不了的，山里鬼怪只不过能预知一年的事而已。”当时已是秋季，秦始皇认为那年的日子已不多，这话未必能应验。到退朝时他又说：“祖龙就是人的祖先。”故意把“祖”解释成祖先，祖先是已死去的人，因此“祖龙死”自然与他没什么关系。秦始皇接着又让御府察看那块玉璧，竟然是秦始皇以前出巡时沉入江中的那块。秦始皇心里很害怕，还专为此事进行了占卜。
帝王隐居
卢生劝说秦始皇道：“我们寻找灵芝、奇药和仙人一直找不到，一定是有什么东西与它们相克。我们建议您要不时秘密出行，来驱逐恶鬼。恶鬼避开了，神仙真人才会来到。您居住的地方如果让臣子们知道，就会妨害与神仙交往，希望您所住的宫室不要让别人知道。这样，不死之药或许能够得到。”秦始皇就对外宣称说：“我羡慕神仙真人，我自己就叫‘真人’，不再称‘朕’了。”他还下令咸陽附近二百里内的二百七十座宫观都用天桥、甬道相互连接起来，把帷帐、钟鼓和美人都安置在里边，全部按照所登记的位置不得移动。皇帝所到的地方，如果有人说出去，就判死罪。
一次秦始皇临幸梁山宫，从山上望见丞相的随从车马众多，很不满意。宦官近臣里有人把这件事告诉了丞相，丞相就减少了车马数目。秦始皇得知后生气地说：“这肯定是宫中有人泄露了我的话！”经过一番审问，还是无人认罪，他就下令把当时跟随在旁的人抓起来，全部杀掉。从此以后再没有人知道秦始皇的行踪了。
巡行天下
秦始皇是个喜欢巡行天下的人，他一生曾经六次出巡。一次，他出巡时在湘山祠遇到大风，几乎不能渡河。秦始皇问博士（当时的一种官职）说：“湘君是什么神？”博士回答说：“听说是尧的女儿，舜的妻子，埋葬在这里。”秦始皇对这个湘君非常生气，认为是在故意与他作对，就派人把湘山上的树全部砍光。因为当地是红土，湘山也变成了红色的秃山。
秦始皇的出巡时常与危险相伴。公元前218年，秦始皇到东方巡游。在到达陽武县博浪沙时，遭到张良和一名大力士的行刺。刺客误中副车，秦始皇受了惊吓，就命令全国大规模搜捕了十天来捉拿刺客，但最终也没有捉到。还有一次，秦始皇和四个武士一起在咸陽穿便装出行，晚上在一个叫兰池的地方遇见了强盗，形势十分危急，幸亏武士们打死了强盗，他才得以脱险。秦始皇为此事在关中大规模搜捕了二十天。
秦始皇在出巡中还曾在海上射杀过大鱼。方士徐巿等人入海寻找仙药，花费了很多时间和钱财也没找到。他害怕遭受责罚，就欺骗秦始皇说：“蓬莱仙药可以找到，但我们时常被大鲨鱼困扰，所以无法到达。希望皇上派善射之人一起前往，遇到大鲨鱼就用连发的弓弩射它。”恰巧秦始皇做梦与海神交战，海神的形状与人形相似。占梦的博士说：“水神本来是看不到的，他用大鱼蛟龙做侦探。现在皇上的祭祀周到而恭敬，却出现这种恶神，只有把它除掉才能找到真正的善神。”于是秦始皇命令入海的人携带捕大鱼的工具，亲自带着弓弩去射杀了一条大鱼。
始皇焚书
一次，秦始皇在咸陽宫摆设酒宴，七十位博士上前献酒颂祝寿辞。齐人淳于越说：“我听说殷朝、周朝统治天下达一千多年，主要原因在于分封儿子兄弟，作为枝叶。现在陛下虽富有世界，可是你的儿子们却跟平民一样，一旦发生危险，谁能来帮助救援你呢？凡事如果不效法古人而能长久的，现在还没有听说过呢。”丞相李斯不同意他的意见，对秦始皇说：“五帝和夏、商、周的制度各不相同，可是都凭着各自的制度使天下大治。这并不是他们故意要彼此相反，而是由于时代变了，情况不同了。现在陛下开创了大业，建立起万世不朽之功，儒家学者们愚陋，对这样的新局面，是不能领略理解的。况且淳于越所说的是夏、商、周三代的事，都已经是几千年以前的事了，哪里值得取法呢？从前诸侯并起纷争，才大量招揽游说的人才。现在天下平定了，法令出自陛下一个人，百姓在家就应该致力于农工生产，读书人就应该学习法令刑禁。现在儒生们不学习今天，却要一心一意效法古人，以此来诽谤当世，扰乱民心。他们只欣赏自己私下所学的知识，指责朝廷所建立的制度。当今皇帝已统一天下，分辨是非黑白，一切决定于至尊皇帝一人。可是私学却一起非议法令，入朝的时候就在心里指责，出朝以后就去街巷谈议，在君主面前夸耀自己，说一些奇特的观点来抬高自己，在民众当中带头制造谣言。如不禁止，君主威势就会下降，朋党的势力就会形成。我请求让史官把不是秦国的典籍全部焚毁。除博士官署所掌管的之外，天下人收藏的《诗》、《书》和诸子百家著作，全都送到地方官那里去一起烧掉。有谁敢在一起谈议《诗》、《书》的话，就把他们处以死刑，借古非今的更是要把全家都杀掉。官吏如果知道而不举报，以同罪论处。命令下达三十天仍不烧书的，脸上刺字，发配边疆。百姓只可留下医药、占卜、种植之类的书。如果有人想要学习法令，就以官吏为师。”秦始皇觉得他言之有理，便听取了李斯的建议，将天下的典籍都用火烧掉了。