元善，河南洛陽人。
祖父元叉，是西魏侍中。
父亲元罗，最初担任梁州刺史，到元叉被杀时，逃到梁国，官至征北大将军、青冀两州的刺史。
元善年幼时跟着父亲到江南，他天性好学，于是通读了五经，尤其精通《左传》。
侯景之乱时，元善到了周国。
周武帝十分敬重他，让他做了太子宫尹，赐爵为江陽县公。
他常常拿经书教授太子。
开皇初年，做内史侍郎。
高祖每当看见他就说：“一表人才啊！”凡是陈述事理的奏书，读来抑扬顿挫，令人注目相看。
陈国派使臣袁雅来问候，皇上命元善到馆舍中接受国书，袁雅出门时见元善却不行礼。
元善说过去办事有敬拜的礼节，袁雅无话可答，就向他下拜，行礼后就离去了。
后来又升为国子祭酒。
皇上曾经到学校行拜师之礼，命元善讲《孝经》。
于是元善详细陈说书中的内容与道理，同时又用含蓄的话来劝谏皇上。
皇上十分高兴地说：“听了江陽县公的一番话，令人振奋。”皇上赏给了元善一百匹绢，一套衣服。
元善的精通广博，次于何妥，但是他风流蕴藉，举止潇洒，话音清楚明朗，听的人可以忘记疲倦，因此后辈们都纷纷来到他的门下。
何妥时常心中不服，想使元善折服。
因为元善讲《春秋》，刚一开讲，儒生们就全到齐了。
元善私下对何妥说：“人的名望已经决定，希望你不要使我为难。”何妥答应了。
到了讲学的场所，何妥便援引古今的疑难来发难，元善大多不能回答。
元善心里很忌恨，两个人因此有隔阂。
元善认为高赹有做宰相的才能，曾经对皇上说：“杨素粗俗，苏威怯懦，元胄、元..，是如同鸭子一样的小人。
可以交给国家大事的人，只有高赹。”皇上当时认为是对的，到了高赹有了罪过，皇上因为元善曾经为高赹说过话，很是责怪抱怨他。
元善忧虑害怕，以前就患有消渴病，于是病重而死，死时六十岁。