侯調字伯玉，巴西充国人。父亲侯弘远，世代为西蜀首领豪杰。蜀的叛贼张文萼占据白崖山，有人马一万，梁朝益州刺史、鄱陽王萧范命令侯弘远讨伐他。侯弘远战死，侯調坚持请求替父亲报仇，每次作战都在前冲锋陷阵，于是杀了张文萼，因此被众人所知。因为侍奉萧范，萧范委任他为将帅，山谷中的夷獠有不归附的，都派侯調去征讨。因多次立功被授职为轻车府中兵参军、晋康太守。萧范任雍州刺史时，侯調被任命为超武将军、冯翊太守。萧范迁职镇守合肥，侯調又跟随他。
侯景围攻台城，萧范于是派侯調辅佐他的大儿子萧嗣，去援救京都。京城陷落，侯調和萧嗣退回合肥，又随萧范去镇守湓城。不久萧范和萧嗣都去世了，侯調统率他们的人马，投靠豫章太守庄铁。庄铁怀疑他，侯調害怕，不能安宁，假装拉庄铁商量事情，借此机会杀了他，据有豫章之地。
侯景的部将于庆向南侵夺地盘到豫章，城邑被攻下，侯調走投无路，于是向于庆投降。于庆把侯調送到侯景处，侯景因为侯調和自己同姓，委身为宗族，待他很厚，把他的妻子儿女和弟弟留作人质。派侯調随于庆去平定蠡南各郡。
到侯景在巴陵战败时，侯景的部将宋子仙、任约等都被西军俘虏，侯調于是杀了侯景的党羽来响应义军，侯景也把他的妻子儿女和弟弟全部杀死。梁元帝任命侯調为武臣将军、南兖州刺史，封他为郫县侯，食邑一千户。又跟随王僧辩讨伐侯景，一直为前锋，每战皆胜。收复台城后，侯景逃向吴郡，王僧辩派侯調带兵追击，与侯景在吴松江交战，大败侯景，缴获了侯景的全部军器。又进军钱塘，侯景的部将谢答仁、吕子荣等都投降。按功劳被授职为南豫州刺史，在姑熟镇守。
承圣二年(553)，北齐派郭元建从濡须而出，王僧辩派侯調带领三千披甲士兵，在东关筑垒抵御，大败郭元建。侯調被任命为使持节、镇北将军，送给一部鼓吹，食邑增至二千户。
西魏进攻荆州，王僧辩派侯調为前军，赴援荆州，还没有赶到，荆州就已陷落，侯調去九江，护卫晋安王回都城，承皇帝旨意以侯調为侍中，使持节，都督江州、晋州、吴州、齐州四州诸军事，江州刺史，改封侯調为康乐县公，食邑五千户，晋号车骑将军。司徒卢法和占据郢州，带领北齐兵进犯，于是派侯調统率众军向西讨伐，还没有到达，卢法和率领所部人马北渡进入北齐。北齐派慕容恃德在夏首镇守，侯調勒马引兵西还，水陆联攻，慕容恃德粮食没有了，求和，侯調返回镇守豫章。
王僧辩派他弟弟王僧忄音率军和侯調共同讨伐萧勃，到高祖杀王僧辩时，王僧忄音暗地里想图谋侯調并夺取他的军队，侯調知道后，全部拘捕了王僧忄音的同党，王僧忄音逃奔北齐。
绍泰二年(556)，侯調以原来的称号晋升为开府仪同三司，其他官衔不变。此时，侯調占据中游，兵力强盛，又因为原来侍奉王僧辩，虽然表面上表示臣服，但实际上没有入朝的意思。起先，余孝顷任豫章太守，到侯調镇守豫章后，余孝顷就在新吴县另立城栅，与侯調对峙。侯調把军人的妻子儿女留在豫章，命令堂弟侯觺主持后事，自己率全部人马攻打余孝顷。从夏天到冬天，未能攻克，于是长久围困，把他的庄稼全部收获。侯觺和他的部下俟方儿不和，俟方儿生气，率领所部人马攻打侯觺，虏掠了侯調军府的妓妾和金玉，归依高祖。侯調已经失去了根本，军队就都溃散，轻捷地回到豫章，豫章人阻止他们，又去到湓城，投奔侯調的部将焦僧度。焦僧度劝侯調投奔北齐，侯調认为高祖宽宏大量，一定能够宽容自己，于是去高祖的殿堂请罪，高祖恢复了他的爵位。
永定元年(557)，任命侯調为侍中、车骑将军。二年，升任司空。王琳到达沌口，周文育、侯安都覆没，于是以侯調为都督西讨诸军事。侯調到达梁山。世祖即位，晋职为太尉，增加食邑一千户。王琳到达栅口，朝廷以侯調为都督，侯安都等都隶属于他。侯調和王琳相持了一百多天，没有决战。天嘉陈书元年(560)二月，东关的春水稍微长高，船舰得以通行，王琳带领合肥、氵巢湖的人马，船只依次序而下，气势很盛。侯調率军进到兽槛洲，王琳也把船排列在长江西岸，隔着兽槛洲停泊。翌日交战，王琳的部队稍稍退却，退守西崖。到了晚上，刮起了很强的东北风，吹打王琳的船舰，船舰都坏了，沉没在沙中，淹死了数十上百人。因浪大不能回到岸边，半夜又有一颗流星坠落在敌营中。到天亮时风平息下来，王琳到水滨修船，用荻船堵塞在河流的入江口，又用障碍物围绕在水岸，不敢再出兵。这时，西魏大将军史宁到了王琳的上游，侯調听说了，知道王琳不能维持多久了，收军退据湖边，等待王琳失败。史宁到来后，围攻郢州，王琳担心人马溃散，于是率领船舰下去，去到芜湖十里远才停泊，打更的声音在军中都听得见。翌日，北齐派几万军队援助王琳，王琳带领人马奔向梁山，想越过官军占据险要地形。北齐的仪同刘伯球率领一万多人援助王琳水战，军中代行朝廷之职的官吏慕容恃德的儿子慕容子会带领二千铁骑兵，处于芜湖西岸的博望山南面，以壮王琳的声势。侯調命令清晨烧火做饭，在草席上吃饭，分头驻扎在芜湖洲尾等待敌军。就要开战了，从东南刮起一阵微风，部队抛掷火种放火。定州刺史章昭达乘坐平虏大舰，在长江中间前进，发拍石打中敌舰，其余的冒突舰、青龙舰，也都攻向敌舰。又用牛皮冒蒙冲小船撞击敌舰，并把融化的铁水投撒到敌舰外。王琳的军队大败。他在西岸的步兵，自相践踏，马匹都陷进芦荻的烂泥中，舍弃坐骑脱身逃跑的有十分之二三。缴获了敌军的全部船舰器械，并生擒北齐将领刘伯球、慕容子会，投降的、俘虏的敌人数以万计。王琳和他的党羽潘纯..等乘一条小船突围逃到湓城，还想收拢逃散的人马，没有人归附他，于是和妻妾左右十多人去到北齐。
当年，诏令侯調为都督湘州、巴州、郢州、江州、吴州等五州军事，镇守湓城。北周将领贺若敦、独孤盛等进犯巴州、湘州，又任命侯調为西讨都督，和独孤盛在西江口交战，大败独孤盛的部队，掳掠他的人马和器械，不可胜数。按功劳授职为使持节，都督湘州、桂州、郢州、巴州、武州、沅州等六州诸军事、湘州刺史，改封为零陵郡公，食邑七千户，其他职衔不变。二年(561)，因病上表请求回朝。三月，在途中去世，时年五十二岁。追任为侍中、骠骑大将军、大司马，追送羽葆、鼓吹、班剑二十人，送给东园秘器，谥号壮肃。当年九月，配享高祖庙庭，其子侯净藏嗣爵。