荀伯子，颍川颍陰人。祖父荀羡，骠骑将军；父亲荀猗，秘书郎。
伯子幼时十分喜爱学问，博览经籍群书。但性情通达率意，喜欢旁杂的游乐，在乡里闲荡游玩，他也因此仕进无望。后始任驸马都尉、奉朝请、员外散骑侍郎。著作郎徐广看重他的才学，推荐伯子和王韶之同为佐郎，帮助编撰《晋史》以及撰写桓玄等人的传记。升任尚书祠部郎。
义熙九年(413)伯子上表皇帝：“臣听说咎繇死后，臧文深深为之叹息；伯氏夺邑，管仲称之为仁。功德崇高历经百代不会泯灭，滥加赏赐则是任何伟大朝代也不允许的。太傅钜平侯祜，明德通贤，作为臣子忠心不贰，辅佐君王，功至消灭吴国，但他没有后嗣，连祭祀的人都没有。汉朝因为萧何的大功，总保持他的后代得以继承流传。我认为对钜平侯的封赏应该和赞阝国相同。前太尉广陵公陈准是孙秀的党羽给淮南带来灾难，窃取大国之主的享受，可算是因罪为利。当时正值西朝政策刑罚失去公正，中兴之举也因此失去希望。如今王道新始，怎能不严格区分赏与罚呢？这样的话，广陵之国就应予以削除。前太保卫馞本来的爵位是萧陽县公，遭受灾难后，就增加了他的品级等第，一开始赠他为兰陵公又转任江夏。朝中许多大臣都没有一个合理的结局，卫馞功德并不突出，没有理由单独受到不合理的封赏，应该恢复过去的等级，以匡正国策。”皇帝下诏将此表交给门下省执行。
前散骑常侍江夏公卫..上表陈述自己的意见：“臣的祖先故太保卫馞，在魏咸熙年间，太祖文皇帝为元辅的时候封他为萧陽侯，大晋统一天下后晋爵为公，历位太保，总揽朝政，当时贾庶人及诸王专权，忌恨卫馞的忠节，因此楚王越假诏致使他遇难。前朝因为卫馞秉心忠正再加上攻打蜀国的功劳，所以追封他为兰陵郡公。永嘉年间东海王越食邑在兰陵，卫馞的封地换到江夏，户邑数量没有增加。臣的高祖散骑侍郎卫桑是卫馞的嫡孙，篡夺继承封爵，中宗皇帝让臣的曾祖前右卫将军卫崇承袭封爵，一直到臣。臣听说祠部郎荀伯子上表要贬降我的封爵恢复昔日的萧陽侯。因赵氏的忠诚恩宠延续数代，汉高祖开封，以泰山黄河为盟誓。恳请陛下考察臣祖上昔日的功勋，施行无所不至的恩泽，请将臣的上表对外公布以便定夺。”颍川陈茂也上表说：“祠部郎荀伯子上表指责我的七世祖太尉陈准祸害淮南，不应对其过度赏赐；推究此事可知因祖先剪除贾谧，被封为海陵公，此事发生在淮南遇祸之前，后来尽避广陵在混乱之际，我的祖先才开始蒙受厚遇，历位元、凯。后来出朝到边远的地方，仍然到了平州，也没有到削除封国的地步。这实在是因为祖先的功绩巨大，历代不灭的原因。如今圣明的君主统治天下，英雄豪杰辅佐致力于国家中兴，大家都对此没有什么疑议，不认为是过度赏赐。臣还未成年时就继承了祖上的封地和爵位，伏愿陛下考察祖上昔日的功业，表现您的怜悯和圣察。”皇上下诏将两人的表都交给门下省，最终并未施行。
伯子任世子征虏功曹、国子博士。因妻弟谢晦举荐而入朝任尚书左丞。后出朝补任临川内史。车骑将军王弘称赞他：“沉着稳重、朴质无华，有平陽侯的风度。”升任散骑常侍，又上表给皇帝：“臣见朝中百官的次序，陈留王在零陵王之上，我私下认为这有不恰当的地方。过去武王消灭殷商，将神农的后代封赏在焦，黄帝的后人封赏在祝，帝尧的后人封赏在蓟，帝舜的后人封赏在陈，夏的后人封赏在杞，殷的后人封赏在宋。杞、陆都是列国，而蓟、祝、焦却没有什么名声。这是褒奖推崇承继的祖先，优于远代的证明。所以《春秋》排列诸侯次序，宋在杞、陈之前，考察近代也有类似的情况。晋泰始元年，皇帝下诏赐给山陽公刘康子弟一人关内侯的封爵，卫公姬署、守侯孔绍各一个儿子为驸马都尉。又泰始三年，太常上博士刘熹等人议论，认为卫公姬署对于大晋朝应在三恪之内，要降称侯。臣认为零陵王位置应在陈留王之上。”皇上听从了他的意见。
调任太子仆、御史中丞，在职勤勉谨慎，有匪躬之称。他在朝中整肃威严，人们都惧怕他。凡是他想奏议弹劾的事，总是严加非议谤毁，有的还要涉及祖先，表现了他为人剀切刚直，但又夹杂着嘲戏的态度，所以世人都以此非难他。出朝补司徒左长史、东陽太守。元嘉十五年(438)死于官任上，时年六十一岁。伯子有文集流传后世。