公元前221年，秦王政始灭六国，号始皇帝，史无前例的庞大帝国如何管理，大臣们提出了不同的见解。丞相王绾等以诸侯初破，燕、齐、楚地方偏远，不置诸侯王则无以镇服，请封诸皇子。秦始皇交由臣下讨论，群臣都认为可行，只有廷尉李斯反对：“周文王、周武王分封子弟、同族甚多，然而后代日益疏远，相互攻击视如仇敌，周天子也无法禁止。现在天下一统，设立郡县，皇子功臣可以用国家赋税多加赏赐，这样容易控制。天下没有异心，才是安宁之术。设置诸侯不利。”
中国史上，大抵每一代都惩前朝败亡之因，比如明惩历朝丞相专擅，清惩明世太监之祸，但往往矫枉过正，走向另一个极端，比如汉惩秦始皇不封子弟而致七国之乱，宋惩晚唐五代方镇之乱而致武德不修，外患不止。可以说，李斯的话切中始皇要害，唯恐万世基业不传的要害，由不得不听。果然，秦始皇说：“天下人都苦于战乱不休，就是因为有诸侯王的存在。天下初定，再立诸侯国，这是制造战争，以此求得安宁，岂不太难！廷尉的意见正确。”
始皇三十四年（公元前213年），秦始皇在咸陽宫置酒为寿，仆射周青臣进颂，总之神灵明圣，四海宾服，哄得始皇帝开心得很，可其中讲到“改诸侯为郡县，人人安居乐业，没有战争的祸患，传之万世。”惹恼了来自齐地的博士淳于越。
儒生一向很能破坏气氛，也算是传统：“臣听说殷、周君临天下千余年，分封子弟功臣，作为辅佐。现在陛下拥有天下，子弟却和平常百姓一样，一旦出现了田常、六卿这样的臣子，没有辅佐之人，如何相救？办事不以古人为师而能长久的，我没有听说过。现在周青臣当面奉承，以加重陛下的过失，不是忠臣。”
淳于越比王绾聪明，和李斯一样，利用了秦始皇的恐惧，这次是对田氏代齐和六卿分晋的恐惧。
所以秦始皇又把意见交由臣下讨论，不出意外，反对者又是李斯，不过李斯这时候已经是丞相了，底气也特别足，所以这次李斯直指根本。
儒家一直强调法先圣，法家一直强调法后王。战国时代诸侯纷争，无论是秦国还是山东六国，都需要招揽士人为之效力。而当天下一统，思想也应当定于一尊，百姓只要努力耕作就好。而儒生天天叫嚷着“复古”，在李斯看来就是非议当今，惑乱百姓。
因此，李斯建议：“列国史记，除秦记全部烧毁。除了博士官所执掌，天下收藏《诗》、《书》、诸子百家的，都要交给地方官员烧毁。有敢谈论《诗》、《书》者处死，以古非今者族灭。官吏知情不举者同罪。法令下达三十日不烧书的，受黥刑（脸上刺字涂黑），派去筑长城。只有医药、卜筮、种树三类书不烧。如要学习法令，以官吏为师。”
秦始皇下令执行，史称“焚书”。无可否认，秦始皇和李斯的这些举动，是站在政治一统的前提下谋求思想一统的大理想，可是有多少罪恶，都是奉理想的大旗呢，就这件事说，就造就了中国几个恶法的先例，
一、烧毁非官方认定的史书。中国历来对史书的准确性和教化意义非常看重，《春秋》里面的微言大义，什么“郑伯克段于鄢”，六个字足够讲上一堂课。赵盾的狡辩，终究抵不过董狐的笔，崔杼的刀，终究还是硬不过太史兄弟的头，终于在太史第四个兄弟的时候停了下来。
但是，历史是由人书写的，不免带有个人和群体的色彩，房龙在《圣经的故事》中写到：“每个国家的每本历史教科书都讲述关于过去的故事，而且都是该国人民认为确实发生过的事实。但是要是你跨过国境区读读邻国的实力教科书，你就会发现那些记述截然不同。”烧毁各国的史记，只留下秦国的史记，保证了秦国史记的权威性，和历史的秦国视角，也烧毁了各国史记中讥刺秦国的语言，减少了六国后人对秦国的攻击的基础，从秦始皇的角度，当然是有利的。
然而，“去阅读所有全家的所有历史教科书，可能会看到一些接近绝对真实的东西”（房龙），烧了六国史记，历史从此残缺不全，对古代史的整理造成了相当多的问题，而且《秦记》不记载日月，文辞简略不全，司马迁公大为感叹。晋武帝时从魏安釐王墓中出土《竹书纪年》，几乎重构上古史，重建战国年代史，也可以看出烧毁各国历史对历史准确性的伤害。
后世延此，常常禁修私史，如南宋嘉泰禁私史，清初文字狱中赫赫有名的明史案，容后细考。
二、烧毁禁%书。禁%书始自商鞅变法，“燔《诗》、《书》而明法令”，但如此大规模的禁%书，从书的范围和禁%书的地域来说，应该是第一次。
而且，这次禁%书的标准是空前绝后的最高峰，“吾前收天下书不中用者尽去之”，这个“不中用”的标准，由始皇帝和李斯二人搞定，只有医药、卜筮、种树三类书逃出生天，其他一切书籍，都属于“不中用”。
三、集书于官方。
后世多有人以《诗》、《书》、诸子百家尚存于博士官属为始皇辩护，认为项羽烧咸陽才造成了这些书的流失，比如性好疑古辨伪的朱熹说“秦焚书也只是教天下焚之，他朝廷依旧留得”。
这样说当然没错，可就当时的条件来说，书还处于“汉青”阶段，副本不多，归于博士官属，一旦发生火灾，都是无可挽回，更不要说兵祸了。即使到了明清，《永乐大典》、《四库全书》，也难逃水火之灾，《永乐大典》主要亡于明末清初的战火之中，七套《四库全书》只存三套半，其余的毁于八国联军和太平天国。所以，集中所有的书于中央，就埋下了毁书的种子。
从实际的结果看，由于秦三世而亡，前后不过数年，儒家典籍还得到了比较好的流传，可其余诸子百家，多有流失，越是小宗，越可能失传。
严重的问题在于，没有人敢保证，收集到官方的书籍会不会被肆意的删改。这次收书无所考，从后世来看，《永乐大典》采取的是照抄，而《四库全书》不同，禁毁图书三千余种，十五万部，岳飞“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”，”。张孝祥“洙泗上，弦歌地，亦膻腥”，多被篡改。
更严重的问题是统一思想。在上古时代，只有巫、史少数人掌握文字，因此文字也集中于王宫。当识字人口增加时收书于博士官属，那就是妄图定思想于一尊的愚民政策。
四、言论控制。“偶语《诗》、《书》，弃市，以古非今者族”，“诽谤者族，偶语者弃市”，这一点不算首创，是继承周幽王而来。
这些当然是为了万世基业，可六、七年间，“坑灰未冷山东乱，刘项原来不读书”，“枉把六经灰火底，桥边犹有未烧书”，秦就亡了。
要讨论这里面的关系，其实并不像传说中的这么简单。固然，秦始皇暴虐万分，可在始皇帝扫灭六国的余威尚在，天下尚属安宁。始皇崩于前210年七月，一年后的前209年七月陈涉起兵，如果始皇尚在，陈涉敢不敢起兵，有没人响应，都是疑问。
这里有一个证据，陈涉起兵，因为百姓多听闻扶苏的贤明，居然打算用扶苏的名号，可以想象，如果扶苏继承皇位，采取相对宽容的措施，秦未必会这么快灭亡，事实上，老子做坏人，把好人留给儿子做，这是后世皇帝们用惯的权术。