通常我们所理解的黑格尔哲学体系就是《哲学全书》的体系。黑格尔对于哲学体系的思考由来已久，因为这乃是康德、费希特和谢林试图解决而没能最终解决的难题。在他看来，哲学是科学，而惟有当它是一个体系的时候才真正称得上是科学。所以在黑格尔出版发表了《精神现象学》和《逻辑学》之后，如何将哲学建构成一个科学的体系就成了摆在他面前亟待解决的问题。现在黑格尔有了一个机会，虽然有点儿仓促——他在大学讲授哲学需要一个教学纲要。
1816年当黑格尔在海德尔贝格大学准备讲课的时候，他面临着教学纲要的问题。康德黑格尔所处的时代，德国在大学教育中十分注重教学纲要的作用。1778年10月16日，当时的国务大臣瑞特立芝在一份布告中说：“最差的纲要肯定也要比没有好，如果教授们博学多才的话，他们尽可以批评纲要的作者；但是口授笔录式的讲课必须废除。”（注22：转引自沃·考夫曼：《黑格尔——一种新解说》，第221页。）当年康德就曾经利用了迈耶、鲍姆嘉登的纲要，然而黑格尔却不想这么做，他希望使用自己编写的教学纲要。于是他一边以口授的方式讲课，一边着手编写新的教学纲要，这就是《哲学全书》。在1817年这部教学纲要出版之时，黑格尔写道：“为了适应我的哲学讲演的听众对一种教本的需要起见，我愿意让这个对于哲学全部轮廓的提纲，比我原来所预计的更早一些出版问世。”（注23：黑格尔：《小逻辑》，第1页。）与此同时，黑格尔强调说，由于该书采取的是纲要形式，因而它不仅未能依照理念的内容予以详尽发挥，而且它的系统推演的发挥也是特别浓缩的。所以作为纲要，《哲学全书》一方面是对哲学体系之轮廓的概括，另一方面亦表明其内容的发挥还有待于口头的讲授。《哲学全书》于1817年出版了第一版，1827年出了第二版，内容比第一版增加了一倍，1830年第三板问世，虽然篇幅增加不多，但文字的改动数以千计。显然，黑格尔在此下了很大的功夫。
黑格尔敢于编写而且能够出版自己的教材，这说明了其哲学在当时的影响和地位。
我们通常所说的黑格尔的哲学体系就是这个《哲学全书》的体系。就此而论，我们既不应该因为它只是纲要而忽视其意义，同时也不应该认为《哲学全书》的体系就是黑格尔定了型的哲学体系。显然，比较这本书的不同版本我们就会发现，黑格尔哲学体系的框架大致如此，而内容和细节则始终处于变化之中。
《哲学全书》分为三大部分：“逻辑学”、“自然哲学”和“精神哲学”。“逻辑学”是研究理念的自在自为的科学，它讨论的是纯粹的本质性因素，亦即纯思想规定或范畴；“自然哲学”是研究理念的异在或外在化的科学，它讨论的是理念外化自身而成为自然亦即理念的外在表现；“精神哲学”研究的是理念由它的异在返回它自身的科学，它讨论的是通过人类精神理念重新获得自己的形式，从而成为真正的现实的过程。
《哲学全书》中的“逻辑学”部分（小逻辑）基本上是《逻辑学》一书（大逻辑）的概要，虽然它们在形式、内容和细节等方面有许多差异，我们就不作更多的介绍了，需要说明的是从“逻辑学”到“自然哲学”的过渡。从本体论上说，当逻辑理念在“概念论”中达到了“绝对理念”，亦即自在自为的真理之时，“按照它同它自己的统一性来看，就是直观，而直观着的理念就是自然。”（注24：黑格尔：《小逻辑》，第427页。）这就是说，“绝对理念”扬弃了一切差别和矛盾而实现了自身统一性，这个直接的统一性就是一个简单的事实，一个消解了所有间接性的现成的东西，这个东西就是“自然”。从宇宙论上看，这个达到了自身统一性的直接性（直观）的理念由于返回自身而享有绝对的自由，因而它便自由地决定将自身中的特殊规定和诸环节“释放”出来，将其自身作为它自己的反映，自由地外化为自然。换言之，现在“存在”在这里成了“存在着的理念”，而存在着的理念也就是“自然”。显然，从逻辑理念到自然的过渡具有某种神秘主义的色彩，不过这里的“过渡”不应该理解为时间意义上的过程，而应该看做是逻辑上的关系：逻辑理念是自然的本质性因素，自然乃是逻辑理念的外化和表现。
与近代哲学机械论的自然观不同，德国古典哲学的自然观将自然看做是一个有机的整体，以渗透于自然之中的内在的精神活动来解释自然的运动，将自然理解为历史性的运动发展的过程。这种思辨的自然哲学经过谢林的发扬光大，在当时的科学家们中间引起了热烈的反响，他们在谢林的自然哲学中发现了一种不同于以往的理解和说明自然的新的方式。与谢林相比，黑格尔的自然哲学显然更系统更完善，但是当他建立自己的自然哲学的时候，由于思辨的自然哲学已经为科学家们所厌倦，所以其影响反而没有谢林大。
在黑格尔看来，“自然界是自我异化的精神。精神在自然界里一味开怀嬉戏，是一位放荡不羁的酒神。在自然界里隐藏着概念的统一性”（注25：黑格尔：《自然哲学》，第21页，商务印书馆，1986年。）。“绝对”外化它自己而成为自然，自然不过是“绝对”的表现。然而也正是因为如此，“绝对”还不是现实的它自己，“绝对”还不是绝对精神。因此，黑格尔给自然哲学提出的课题是“扬弃自然和精神的分离，使精神能够认识自己在自然内的本质”（注26：黑格尔：《自然哲学》，第20页。）。他把考察自然的方式规定为“概念的认识活动”，它是理论态度与实践态度的统一，其目的是把握事物的内在本质。在这种认识活动之中，我们强迫像希腊神话中那位千变万化的海神“普罗丢斯”一样的自然界停止它的变化，在我们面前显现和说明自身。《自然哲学》以从自然向精神的过渡作为它的终点。自然发展到了这样的阶段，它在有生命的东西中得到了完成。因此，“精神是在自然界中发展出来的。自然界的目标就是自己毁灭自己，并打破自己的直接的东西与感性的东西的外壳，像芬尼克斯那样焚毁自己，以便作为精神从这种得到更新的外在性中涌现出来。”（注27：黑格尔：《自然哲学》，第617页。）因此，精神与自然之间的关系是，两者在根本上是统一的：精神是自然的本质，自然是精神的异化或表现。所以精神既可以说在自然之后，也可以说在自然之前：精神是从自然界中发展出来的，因而自然在时间上是在先的；然而就精神是自然的本质，精神是自然的真理性和最终目的，是理念的真正现实而论，精神则是真正在先的。“自然并不是一个固定的自身完成之物，可以离开精神而独立存在，反之，惟有在精神里自然才达到它的目的和真理。同样，精神这一方面也并不仅是一超出自然的抽象之物，反之，精神惟有扬弃并包括自然于其内，方可成为真正的精神，方可证实其为精神。”（注28：黑格尔：《小逻辑》，第212—213页。）于是，我们就从自然哲学进展到了精神哲学。
黑格尔的“精神哲学”与他的《精神现象学》之间的关系是十分微妙的。由于它们讨论的都是人类精神认识绝对的过程，因而在内容上多有重复。当黑格尔的哲学全书体系建立起来的时候，他似乎有点儿后悔在《精神现象学》中过于详细地描述了本应该在“精神哲学”中阐述的内容，所以他放弃了《精神现象学》是“科学体系的第一部分”的说法，仅仅把它看做是其哲学的“导言”，甚至成了“精神哲学”中的一个环节。实际上，《精神现象学》与“精神哲学”各有千秋：前者是黑格尔尚未确立其哲学体系之时写作的著作，因而阐述充分、比较生动而且很少刀斧之痕；后者作为体系成熟时的“纲要”中的一部分，形式十分规整，条理也比较清晰。当然，两者虽然内容大致相似，但是论述的角度毕竟不同：《精神现象学》类似绝对精神的“史前史”，描述的是尚未成为绝对精神的绝对精神在人类精神中的生成史，而“精神哲学”则是我们在认识了绝对精神之后，回过头来由此出发所建立的哲学体系的一个部分。
“精神哲学”是黑格尔哲学全书体系中的最高阶段。如果说绝对理念在“逻辑学”中是潜在的，在“自然哲学”中是异在的，那么可以说它在“精神哲学”中则是现实的。因而“精神哲学”中所讨论的精神的发展过程既是人类精神认识绝对的过程，也是绝对成为绝对精神的过程，这两者是同一个过程。正是通过人类精神等于绝对的认识过程，绝对达到了自我认识从而成为了真正的现实。
“精神哲学”划分为三个阶段：“主观精神”、“客观精神”和“绝对精神”。当精神还只是处在它的尚未展开的概念中，还没有使它的概念成为有客观性的东西的时候，精神就是“主观精神”，也就是个体精神。“主观精神”分为“灵魂”、“意识”和“自我规定着的精神”三个环节，分别是“人类学”、“精神现象学”和“心理学”的研究对象，其结果是“自由意志”的形成。“客观精神”以自由意志为前提，它是个人之内在精神的外部表现，也就是现实的人类精神所创造的社会、国家、政治法律制度、风俗习惯和伦理道德等等的世界，所以它讨论的是普遍的精神。“客观精神”的三个发展阶段是“抽象法”、“道德”和“伦理”。精神在“抽象法”阶段表现为抽象的自由，自由意志尚处在外在化、客观化的阶段；“道德”所体现的是主观的自由，内在的良心；而“伦理”所体现的则是自由的充分实现，达到了内部与外部、主体与客体之间的统一。这一部分主要体现了黑格尔的法哲学和历史哲学的思想。
在某种意义上说，黑格尔可以看做是历史哲学创始人之一，而且许多人了解黑格尔都是从他的历史哲学开始的。从“实体即主体”的原则出发，黑格尔主张理性统治世界。这个理性虽然指的是“宇宙理性”，但它的具体化现实化则必须通过人类精神。世界历史是一个合理性实现自身而成为现实性的过程，也就是自由成为现实的过程，因为自由乃是精神的本性。因此黑格尔说：“世界历史无非是‘自由’意识的进展”，整个世界的最后的目的就是精神对其自身的自由的意识，亦即自由的现实。（注29：黑格尔：《历史哲学》，第57、58页，商务印书馆，1956年。）然而，自由毕竟只是内在的观念或原则，就其本身而言还不是真正的现实。所以内在的观念必须通过外在的手段加以实现，而驱使人们行动的原动力就是人们的需要、本能、兴趣和热情。于是黑格尔提出了著名的“理性的狡计”的理论：就个人的行动而言，需要等等是他的直接动力，而观念和原则则是间接的动力。换言之，精神、观念和原则是通过利益、需要和热情来决定人的行动的。表面看来，每个人都是为自己的需要而行动的，而实际上他们的行动所实现的乃是理性自身的原则。显然，黑格尔看到了在个人行动背后的历史动因，以唯心主义的方式表达了历史规律的决定作用，但是他的历史哲学看似提高了个人在历史中的作用，但实际上将个人的行动完全看做了理性实现自身的工具和手段。这种强调过分整体性、普遍性原则的思想在现代哲学中尤其受到了人们的批评。
“精神哲学”的第三部分也是它的最高阶段是“绝对精神”。“绝对精神”经过了“艺术”、“宗教”和“哲学”三个阶段。在黑格尔看来，艺术、宗教和哲学都达到了无限性的境界，它们都以“绝对精神”作为认识的对象，所不同的是它们把握“绝对”的方式。“艺术”在直接性中把握“绝对”，它以感性形象化的方式把真理呈现于意识，因而是对绝对精神的具体的直观。“宗教”以表象的方式把握真理，它通过人对上帝的认识而呈现“绝对”。至于“哲学”则是“艺术”与“宗教”的统一，它以概念的方式把握真理，其形式是绝对精神的自由思想，从而真正使绝对精神成为了绝对精神。
《哲学全书》虽然是黑格尔哲学思想最成熟时期的作品，但是它毕竟只是供教学使用的纲要，还有待他去展开和发挥。虽然体系的框架有了，但是黑格尔在世之时并没有以哲学著作的形式全面详尽地阐发他的哲学体系，我们不知道如果他写作了这样的哲学著作，其内容和细节会有怎样的改变，因为即使是教学纲要，《哲学全书》亦始终处于变化之中。譬如哲学体系的开端问题。哲学究竟应该以什么作为开端？黑格尔对这个问题非常重视。一般说来，黑格尔不同的哲学著作有不同的开端：《精神现象学》讨论人类精神的认识活动，它从最初的最基本的“感性确定性”开始；《逻辑学》讨论的是纯思想规定亦即范畴，作为形而上学，它以“存在”为其开端；那么整个哲学体系呢？在黑格尔看来，哲学不像一般科学那样总有其假定的前提，它是一个自己证明自己、自己创造自己的对象、自己返回自己的“圆圈”，因而哲学没有一般科学意义上的起点。
通常我们把黑格尔哲学体系的顺序理解为“逻辑学”、“自然哲学”和“精神哲学”，实际上在黑格尔看来，他的哲学体系不仅仅有这一种排列方式，作为自我运动的“圆圈”，哲学可以从任何地方开始。在《哲学全书》的结尾之处（第575、576、577节），黑格尔分别以逻辑、自然和精神为“中项”提出了三个推论：
第一个推论：逻辑理念——自然——精神。自然作为逻辑理念与精神的“中项”展开于这两个极端之间，它是直接性的存在，在时间上在先的东西；
第二个推论：自然——精神——逻辑理念。精神作为自然与逻辑理念的“中项”，是自然的预定目标，因而是先于自然的，它能够在自然中认识到逻辑理念，从而使自然得到提升而返回自己的本质；
第三个推论：精神——逻辑理念——自然。逻辑理念作为精神与自然的“中项”，乃是这两者的绝对实体，它把自己区分为自然与精神，将它们规定为自己的显现。因而逻辑理念在逻辑上是真正在先的。
究竟应该怎样理解这三个推论？迄今尚未有定论。
最后，我们来讨论黑格尔的辩证法。