薛渊,河东汾陰人。宋朝徐州刺史薛安都的侄子。原名薛道渊,为避太祖(萧道成)偏讳改成薛渊。当年薛安都献彭城投降北虏,亲族人等都去了北土。太祖镇守淮陰时,薛渊逃来南方,主动投靠了太祖。作风果断干练有勇力。太祖命薛渊领部曲,在帐内备卫,跟从他去征伐。元徽末年,因立战功薛渊官至辅国将军,右军将军,骁骑将军,军主,封为竟陵侯。
沈攸之发难,太祖入朝,豫章王萧嶷代守东府,派薛渊领兵驻扎司徒左府,共同守卫京邑。袁粲占据石头时,豫章王萧嶷夜登西门遥呼薛渊,薛渊被惊起,率军队去解救,先到石头火烧城门攻打。事平后,第二天清晨,众军还师聚在杜姥宅,街路都挤满了人,宫门不能开,太祖登南掖门楼命众军各回自己驻地,到食时以后,城门开,薛渊才得以入宫见太祖,悲喜交集。太祖即位后,增封他食邑二千五百户。任命他为淮陵太守,加宁朔将军,骁骑将军仍旧。不久任直阁将军,冠军将军。又转任太子左率。
北虏派伪将薛道扌票侵犯寿春,太祖因道扌票是薛渊的亲近,敕令齐郡太守刘怀慰说:“听闻道扌票不日来侵,其妻儿都在都城,和诸弟不会再都活命,像这类人,不能不多方干扰他,虏方纵不全信,也足以使豺狼们疑心。”命令伪造一封薛渊的书信给道扌票有套近乎的意思,虏方得到此信,果然追回道扌票,改派别人代替他。
世祖即位,薛渊调任左卫将军。当时,薛渊南投,其母索氏不能逃离,改嫁长安杨氏,薛渊暗中派人去赎她,梁州刺史崔慧景报薛渊道:“索氏在界首,我已传信拘引,她已得解职。”薛渊上表请求解职到界上迎母。被批准。改授散骑常侍、征虏将军。薛渊母亲南归的事后来竟未落实。永明元年(483)上表请求解职送貂蝉去。皇上下诏说:“远隔异地,传说不实。薛渊忧迫之深,坚决辞官。当年东关旧典,尚允许两国互通婚宦;况其母已获安定,时有消息传来,依照前例,不准申请,应将其上表压下,立即还他朝服。”薛渊由于赎不成母亲,又上表求解职,皇上不准许。后来北虏来使,皇上替薛渊写信给母亲。
皇上驾幸安乐寺,薛渊随驾乘着虏桥。此前朝廷曾有规定:羌虏桥具不得列入仪仗。被有关部门劾奏,免了他的官,又被原谅了。永明四年(486),出京任持节、督徐州诸军事、徐州刺史,将军如故。第二年,迁任右军司马,将军如故,又转任大司马,济陽太守,将军如故。永明七年(489),任给事中、右卫将军,因病辞职。回家时,不能乘车,去掉车轮,让人担架抬着他离去,又被有关部门检举,又被宽恕了。永明八年(490),任右将军、大司马,领兵讨伐巴东王萧子响。子响的大将刘超之被打得没办法,用被褥杂物十几种东西贿赂薛渊以求自逃,薛渊把他藏在军中,为有关部门检举出来,皇帝下诏原谅了他。永明十年(492),任散骑常南齐书侍,将军如故。世祖驾崩,朝廷怕北虏南侵,任命薛渊为假节,军主、本官如故。不久加授骁骑将军,假节、本官如故。隆昌元年(494),出京任持节、督司州军事、司州刺史,右将军如故。延兴元年(494),进号平北将军,未拜,亡故。明帝即位,下诏拨钱五万,布五百匹,定下日子举行葬礼。